Управление школой осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности, приоритета общечеловеческих ценностей, охраны жизни и здоровья человека, свободного развития личности. В школе сформированы коллегиальные органы управления, к которым относятся Общее собрание работников учреждения, Совет учреждения, педагогический совет учреждения.
Органы управления
| Директор | Единоличный исполнительный орган |
| Общее собрание работников | Коллегиальный орган управления |
| Совет Учреждения | Коллегиальный орган управления |
| Педагогический совет | Коллегиальный орган управления |
В МБОУ СОШ №3 могут создаваться на добровольной основе советы учащихся и советы родителей (законных представителей) по их инициативе.
Структурных подразделений нет.